“按照最新改革方案，科学基金的主要职能是加强基础研究和科学前沿探索，积极培育科技人才和团队，大力支持交叉学科发展，基金委将围绕这三项任务，不断完善资助格局，助推我国基础研究水平提升。”2014年末的一个午后，国家自然科学基金委员会主任杨卫院士用一贯不高的语调道出科学基金的“新年愿望”。
这段时间，杨卫通过充分调研，对于2013年上任伊始提出的“筑探索之渊，浚创新之源，延交叉之远，遂人才之愿”的科学基金战略使命，有了更深理解，同时也深感责任重大。
他说的“最新改革方案”即近日发布的《关于深化中央财政科技计划(专项、基金等)管理改革的方案》。该方案将中央财政科技计划统筹为五大类：自然科学基金、国家科技重大计划、国家重点研发计划、技术创新引导专项(基金)、基地和人才专项。科学基金被赋予的职责是，加强基础研究和科学前沿探索，支持人才和团队建设，增强我国源头创新能力。
一个共识是，我国已经到了从跟踪科技先行国家到与这些国家并行发展的转型期，我国社会经济发展也将步入对基础研究需求的密集期。基础研究并非离大众遥远的“阳春白雪”，而是决定今后中国科技甚至经济社会发展的基础，是创新驱动发展的源头。
基础研究的新形势对科学基金管理提出更高要求。任务艰巨，科学基金迎难而上，有决心的同时也必须讲策略，不断完善资助模式，力求提高经费使用效率。
杨卫介绍，他们最新的管理举措是将科研项目经费分为直接费用和间接费用。间接费用是指依托单位在组织实施项目过程中发生的无法在直接费用中列支的相关费用，“主要包括依托单位为项目提供的现有仪器设备及房屋，水、电、气、暖消耗等，以及绩效支出”。申请人只需填报直接费用部分，间接费用及项目申请经费在申请书中自动生成。
此次改革的主旨是突出人在科研中的核心作用，重视人才是创新的主体。此前的规定是，项目经费不能用于支付在职人员的绩效，只能有极少部分用来支付非项目人员如研究生的劳务费。这种方式被诟病为“见物不见人”，不利于激发研究人员的创新热情。
2011年，财政部、科技部出台文件，建立课题间接成本补偿机制，将课题经费分为直接费用和间接费用。科学基金的改革是顺势而为。
此次改革调研阶段讨论最多的是间接费用的比例。“暂定500万元以下项目的间接费用比例为20%，500万元至1000万元为13%，1000万元以上则是10%。”杨卫坦陈，至于这一比例是否合理，还需看实施情况。
可以肯定的是，将来间接费用比例会和依托单位的经费使用情况、科研诚信等挂钩。这也是国际惯例。
部分科研人员担心实施间接费用后用于科研的直接费用会减少。“我们这两年不断提高资助强度，就是为了解决这个问题。”杨卫说。2014年，科学基金资助的项目经费较2013年均有增长。
此次调整的另一突破是取消了间接费用中劳务费的比例。“劳务费据实列支，我们要求做到人数、工作时间准确，给付强度合情合理。”杨卫表示。
此外，为了回应科研人员“预算管得太死”的呼吁，科学基金规定，直接经费中的国际合作与交流费、专家咨询费及劳务费在总额不变的前提下可以打通使用，科研人员的自主性更大。
除了提高资金使用效率，杨卫认为，我国基础研究经费还需大幅提升。近年来，我国全社会研究与试验发展(R&D)经费持续增长，但基础研究投入占R&D经费的比例却长期徘徊在5%左右，与发达国家15%—20%的比例相去甚远。
“中央财政已经在做努力。2014年科学基金实际到款比2013年增加了20%，我预计2015年还能增加。”杨卫表示，“未来我们还将致力于提高中央财政拨款，希望科学基金能以超过GDP增速和研发经费增速的步幅发展。”
